עם השנים באה ההכרה, כי הסכסוך עם הפלסטינים אינו יכול להיפתר באמצעות מאבק מזוין אלא יש למצוא ערוצים חדשים, בעיקר ערוץ של תהליך מדיני בסופו יתקבל פתרון מדיני לסכסוך עם הפלסטינים. במהלך החתימה על הסכמי קמפ דיויד קבעו ישראל ומצרים את המסגרת הראשונה גם למבנה התהליך המדיני בין ישראל לפלסטינים. מאוחר יותר הוא הפך לתהליך שלום במסגרת הסכמי אוסלו. אופיו של התהליך המדיני עבר במהלך השנים שינויים בהתאם לנסיבות ולאינטרסים של הצדדים השונים.
המעבר לתהליך המדיני פתח דף חדש בתולדות הסכסוך הפלסטיני ישראלי. אש”ף וישראל הכירו זה בזו (הגם שאש”ף והפלסטינים נמנעים מהכרה בישראל כמדינת העם היהודי), ישראל נסוגה משטחים רבים ומסרה אותם לידי הרשות הפלסטינית שביססה שלטונה במסגרת התהליך המדיני ביהודה ושומרון וברצועת עזה (עד להפיכה הצבאית של חמאס בשנת 2007 נגד שלטון הרשות ברצועה). שבסופו אמור התהליך המדיני להביא את הצדדים להסדר קבע והקמת מדינה פלסטינית עצמאית לצד מדינת ישראל.
שש סוגיות עיקריות עומדות כיום במוקד התהליך המדיני (סוגיות הליבה): גבולות הקבע, הסדרי הביטחון בין הצדדים, מעמד הפליטים הפלסטינים, השליטה בירושלים, חלוקת משאבי המים, ההתנחלויות הישראליות ביהודה ושומרון. כיום מנהלת הרשות הפלסטינית נגד ישראל מאבק מדיני (להבדיל מתהליך מדיני) המלווה במה שכונה “התנגדות עממית” (קרי, טרור עממי).
לאורך כל השנים לווה התהליך במתקפת טרור מצד מתנגדיו, מאחר וחלק מבין הפלסטינים עדיין שוללים את עצם קיומה של מדינת ישראל ודוחים כל ניסיון להביא לפתרון של הסכסוך באמצעות תהליך מדיני והם קוראים להקמתה של מדינה פלסטינית על כל שטחי ישראל באמצעות מאבק מזוין.